Chrám nebyl pořád římskokatolický. Jako i jiné kostely v Čechách tak i on v 15.stoletím, během husitské reformaci, se stává utrakvistický. Samozřejmě se i vybavení interiéru muselo zjednodušit. Po roce 1604 děkan Jan Teofil Turriades zavedl luteránskou liturgii. A další středověké výzdoby, pocházející ještě z předhusitského období byly odstraněné. Až v roce 1622, po zahájení protireformace, se stál kostel znovu římskokatolický.
    "Jedinečně zachovaný areál chrámu s hradbami, bývalým hřbitovem a dalšími budovami je překrásným dokladem architektonického seskupení, jehož půvab zvyšuje stoupající terén. Kéž toto vzácně náladové prostředí — jak je nazval význačný historik, akademik dr. Zdeněk Wirth — zůstane ve své původní uzavřenosti, bez rušivých zásahů, zachováno nám i budoucím!"(*7)
    Chrám má 10 velkých fiál a 39 chrličů ( a ještě dva náhradní u chrámu). Jedinečný pohled na západní průčelí, věže a zvonici chrámu Sv. Bartoloměje, je ze Zahrádky Pod věží, Kouřimská 15 ( otevřeno pouze v sezoně ).
    Co můžeme udělat hned a zadarmo je prohlédnout si jeho severní část. Prohlídka chrámu zatím pouze v létě. Informace u pokladny muzea.
Svatý Bartoloměj:     Nový zákon se zmiňuje o tomto apoštolovi pouze jménem, neříká však nic o jeho činech. Ve Zlaté legendě se vypráví o jeho misionářské cestě do Indie a o jeho smrti v Arménii, kde mu byla zaživa stažena kůže. Obvykle je zobrazován s tmavými vlasy, vousem a ve středním věku. Jeho stálým atributem je nůž, nástroj užitý při stahování kůže. Není neobvyklé ani zobrazení, kde má staženou kůži přehozenou přes ruku nebo ji drží v ruce, jak je tornu v Posledním soudu v Sixtinské kapli (prý jde o autoportrét Michelangelův). Nápis s ním spojovaný je vzat z Apoštolského vyznání víry: „Credo in Spiritum Sanctum." Typická vyprávěcí témata z renesančního umění jej ukazují, jak káže, vymítá zlé duchy, křtí a je vlečen před správní představitele proto, že odmítá uctívat modly. Nejobvyklejším výjevem je naturalisticky zpodobené stahování z kůže. Umělci se někdy drží helénistické skulptury z Pergama zpodobující Marsya stahovaného z kůže. (*21) STRUČNÉ DĚJINY CHRÁMU SV. BARTOLOMĚJE V DATECH
( Kolínský chrám – historie a průvodce, Jan a Ladislav Kamarýtovi, r.1988)
1250   Starší chrámová stavba, z níž jsou dosud zachovány náhrobní kameny, je přestavěna na presbytář budoucího chrámu. Jeho součástí je krypta sv. Ducha. V témže roce prvá písemná zmínka o kolínské faře.
1260   Stavební huť s hesensko - westfálskými vlivy buduje obvodové zdivo trojlodí s úzkými okny a svazkovými příporami. Z neznámých důvodů je stavba přerušena.
1270   Ve stavbě pokračuje domácí stavební huť, která dvěma řadami mohutných pilířů mění původní disposici, vytváří příčnou loď a prostor zaklenuje těžkými klenbami. Jsou vybudovány dvě typické osmiboké věže, ojedinělé na podobných stavbách v naší zemi.
1349   Požár zničil celé město včetně kostela, který je citelně poškozen, zejména presbytář a západní portál.
1359   Pověřuje patron města i fary král Karel IV. svého dvorního stavitele Petra Parléře celkovou přestavbou kolínského chrámu.
1360   20. ledna Petr Parléř zahajuje stavbu; odděluje trojlodí pro bohoslužby a postupné boří staré presbyterium, začíná stavbu obvodového zdiva a věnec kaplí ochozu nového presbytáře. V té době dosud slouží svým účelům krypta Sv. Ducha.
1378   Podle kronikáře Pábíčka byl 18. října toho roku nový presbytář s ochozem a kaplemi vysvěcen.
1380-1401   Zachované archivní záznamy svědčí o další stavební činnosti.
1388   V archivních záznamech připomíná se Michal, kameník v domě čp. 26 vedle fary (dnes muzeum), dle Josefa Vávry snad zeť Petra Parléře, který v jeho nepřítomnosti stavbu vedl.
1398   Připomíná se kameník Myrklaus, který na úpravách pokračoval.
1400   Proražením jižní stěny trojlodí a vestavbou mezi dva opěrné pilíře zvenčí vzniká Kokovská kaple.
1401   Kněz Mikuláš Keyl zakládá u severovýchodního rohu hřbitova kapli sv. Jakuba, připomínanou ještě v roce 1554. Její zbytky jsou dosud zachovány ve sklepním a přízemním zdivu budovy druhé kolínské školy. (Dnes archeologické oddělení muzea.)
1421   22. dubna se vzdává město Kolín husitům. Týž den byl podle kronikáře Vavřince z Březové upálen kněz Hynek z Ronova, farář od sv. Bartoloměje , a s ním šest mnichů z kláštera dominikánů (dnešní pivovar). Zbytky kláštera, který byl husity vypálen, jsou zachovány ve zdivu některých budov. Kolín se stal městem husitským a nadále zde působí utraquističtí kněží,
1442   Ulit velký, legendami opředený zvon Vůžan a zavěšen na jižní věž.
1494   Opraveny všechny střechy chrámu a starožitný orloj na severní věži.
1495   Mistr Ondřej Ptáček z Kutné Hory ulil cínovou křtitelnici.
1497   Vlivem zvonění těžkými zvony byla poškozena dvě horní patra severní věže. I po opravě hrozilo věži při zvonění další poškozeni.
1504   Staví mistr Bartoš (Bartoloměj) novou mohutnou zvonici na pravém severozápadním rohu hřbitova. Do ní byly přeneseny zvony ze severní věže.
1511   4. října se omlouvá purkmistr a rada města Kolína Kouřimským, že u sebe zdrželi jejich orlojníka Ondřeje při prohlídce „neobyčejného orloje", který se nacházel na severní věži a potřeboval opravu.
1525   Na jižní straně proraženo dvojdílné okno ve zdivu nad průchodem do ochozu presbytáře, a to mezi dřevěnou kruchtou českých literátů a chrámovou lodi; kruchta však shořela v roce 1796 a nebyla již obnovena.
1532   Od tohoto roku je u luteránských farářů v Kolíně používán titul děkan a kostel se nazývá děkanským.
Žádá purkmistr a rada města Kolína královskou komoru v Praze, aby dovolila staviteli Benediktu Rejtovi (Riedovi), aby navštívil Kolín a poradil, případně se ujal opravy chrámu: „ kterýž jest znamenitým nákladem vystaven, pak nyní že jest ke znamenité zkáze nachýlen". Není známo, zda k návštěvě a opravě došlo.
1533   V nebezpečí byl chrám 30. května, kdy hlásný s trubačem hledali na jižní Věži s hořící loučí myši a zapálili. Shořel krov věže, vzácný zvon Vůžan zůstal nepoškozen. Trubač byl sťat, hlásný v mučení přetržen.
1560   Pod dlažbou v čele presbytáře vybudována „velká krypta“ nebo také „velký sklípek" čestné pohřebiště významných osob města.
1619   Vichřice s krupobitím těžce poškodila vzácná malovaná okna.
1622   Po 200 letech působení nekatolických kněží odchází kněz Jiřík Chiliades a nastupuje katolický děkan Polák Jan Glodomastes.
1639   Vpád Švédů do Kolína; ustanovují zde svého luteránského predikanta Matouše Grynea Přeloučského, který odchází s příchodem císařského vojska 12. ledna 1640.
1642   Nový vpád Švédů do Kolína; drancují celé město, těžce poškodili a vyloupili chrám.
1660   Prohnilé šindelové střechy a vytlučená okna u kostela si vynucují další opravy.
1680   V době velkého moru zemřel při obětavé službě nemocným spolu se všemi členy kapucínského kláštera kolínský děkan P. Marek Vavřinec Guigni. Za 4 měsíce zemřelo na mor v Kolíně 826 obyvatel.
1687   Děkan J. A. Střebský pořizuje nový, vysoký, bohatě zdobený hlavni oltář. Původní gotickou archu (křídlový oltář ze 14. století) nechává přenést na postranní místo.
1705   U obou severních dveří vystavěny zděné předsíně, zakrývající zdobené portály.
1713   Nový mor ve městě. Na památku obětí moru postaven v severní podvěžní kapli oltář 14. sv. Pomocníků a socha Ecce Homo. Venku na kostele zavěšen plechový obraz Krista. Na kolínském náměstí dodnes připomíná obě morové rány Morový mariánský sloup.
1724   Na vrcholu střechy zvonice zbudována barokní vížka.
1726   Dotaz pražské konsistoře, proč je kostel v Kolíně k pohoršení všech cestujících krytý slaměnými došky?
1728   Na zvonici přenesen starožitný orloj ze severní věže.
1733   Nákladem děkana Antonína Formandla postavena u městských hradeb za kostelem kostnice.
1737   Postaven oltář Kalvarie od Braunova žáka Jiřího Františka Pacáka v Řeznické kapli.
1744   Primátor Šperlink věnoval oltář sv. Barbory od Ignáce Rohrbacha z Chrudimi do sousední (Šperlinkovské) kaple.
1756   Děkan Liborius Ditman nechává přestavět zvonovou hranici, kde se do té doby zvonilo po husitsku „s vysokým točením" jak je tomu podnes v Kouřimi a v Rovensku pod Troskami.
1796   Dne 24. července zavinil třináctiletý chlapec požár města i chrámu s jeho třemi věžemi. Byly zničeny všechny zvony včetně legendárního Vůžana. V kostele shořely varhany z roku 1761, vysoký hlavní oltář z roku 1687, dva Brandlovy obrazy, vzácná gotická archa, která bývala původně hlavním oltářem, oltář sv. Floriána s obrazem od Ignáce Raaba, obraz sv. Barbory a další tři blízké oltáře, obrazy a epitafy. Zůstaly zachovány oboje severní dveře s původním gotickým kováním, sakristie včetně dveří i některé další oltáře ve všech kaplích ochozu a v Kokovské kapli, rovněž zůstaly zachovány barokní kostelní lavice. Do konce roku byla položena cihlová krytina na chrámovou loď a presbytář a také věže byly zakryty nízkými provizorními stříškami.
1797   Na zvonici pořízeny nové zvony od zvonaře Kühnera.
1799   Ze zrušeného kostela karmelitánů v Pacově zakoupen za 200 zlatých velký barokní oltář a na něm umístěn nový obraz sv. Bartoloměje od Kramolína. Původní obraz sv. Václava (Brandl ?) zavěšen u sakristie. Oltář s Brandlovým obrazem vrácen v roce 1910 do Pacova.
1802   Pořízeny nové varhany, pro ně rozšířena chrámová kruchta o jeden sloup.
1847   Na věže dány nové, vysoké střechy kryté břidlici.
1853   Při opravě dlažby v kostele poškozena a zničena řada náhrobků i oltářů.
1868   Přestavěny varhany a chrámový kůr uveden do původního stavu.
1869   Další požár zničil střechy zvonice a severní věže. Zvony nebyly poškozeny.
1872   Obnovena a částečně změněna střecha severní věže, na zvonici vybudován kamenný ochoz a nová střecha dle plánů J. Mockera.
1878   Založena Jednota pro obnovu chrámu; jejím přičiněním byly v letech 1882-6 opraveny opěrné pilíře a schodiště s kamennou lucernou na ochoze presbytáře.
1889   29. XII. při zvonění hodinky za † děkana J. Svobodu praskl velký zvon Bartoloměj ulitý ze zbytků Vůžana. Byl přelit v roce 1891.
1904-1910   Generální oprava celého chrámu a věží. V závěru oprav dán do presbytáře kamenný pseudogotický oltář z Hořic, původně určený do Dvora Králové.
1912   Otlučena omítka na zvonici a věž vyspárována do dnešní podoby.
1917   Pro válku rekvírováno v Kolíně osm zvonů, z toho tři od sv. Bartoloměje.
1927   Ze sbírek zakoupeny od zvonaře Rudolfa Pernera z Českých Budějovic tři zvony (Bartoloměj, Florián, Václav).
1934   Provedena nová důkladná oprava kolínské kostnice.
1942   V dubnu po velikonocích prvá rekvisice šesti zvonů od sv. Bartoloměje pro válečné účely. V červnu v době heydrichiády druhá (trestná) rekvisice zvonů zálabských. Tyto zvony zdržovány do konce války obětavými lidmi v Praze na Maninách.
1945   15. března zbloudilá letecká bomba při náletu na Kolín zničila část budovy gotického děkanství. Tlak vzduchu a střepiny těžce poškodily fiály a celý opěrný systém presbytáře, byla zničena všechna okna na severní straně a poškozena některá okna na straně jižní. Po střelbě na kolínské občany na náměstí přijeli dne 7. května při bohoslužbách okupanti také ke kostelu a střelbou do zachovaných oken některá další poškodili. Po skončeni války zasklívání oken provizorním sklem. Téhož roku vrácena část rekvírovaných zvonů z Prahy a tyto dány na zvonici u sv. Bartoloměje. Osazena nová okna na severní straně presbytáře.
1960   Otevřena velká krypta a započata její rekonstrukce. Dokončena v roce 1961,
1961   Obnoveny střechy na průčelních věžích, místo prejzů dán měděný plech.
1963   Kamenici družstva Kámen z Prahy zahájili opravu opěrného systému presbytáře, pracovali zde do roku 1967.
1965   Zahájen archeologický průzkum v presbytáři před hlavním oltářem. Vedl jej Dr. A. Hejna z archeologického ústavu. Průzkum nebyl dokončen. Bylo započato postupné osazování nových barevných vitráží do oken v trojlodí na severní straně. Postupné osazování bylo dokončeno v roce 1975 oknem vlevo od sakristie.
1973   Provedena přestavba a generální oprava varhan.
1974   Začala oprava části kamenických článků ochozu zvonice a dána měděná krytina místo krytiny břidlové.
1975   Opravena fasáda kostnice, od poslední opravy znovu poškozená.
1977   Obnoveny přerušené kamenické opravy na ochoze presbytáře.
1981   Započaly několikaleté opravy střech všech kolínských kostelů.
1985   V kapli vpravo od sakristie osazeno nové figurální okno jako náhrada za okno s motivem Narození Páně od Frant. Urbana zničené náletem; od konce války bylo zde provizorní zasklení.
1988   Se značným státním příspěvkem pokračují kamenické práce na obnově opěrného systému na ochoze presbytáře.